指定席券売機で自由席は買える？

買えます！

指定席券売機とは、指定席「も」買える券売機です。

JRの座席予約システムに繋がっていない券売機では、枚数制限がない自由席しか購入できません。

一方、座席予約システムに繋がってる券売機は、指定席を購入することができます。これが指定席券売機です。基本的には上位互換なので、自由席も購入できます。